Unio ble stiftet 10. desember 2001. Den gang het Unio Utdanningsgruppenes Hovedorganisasjon (UHO).
Norsk Lærerlag, Lærerforbundet, Norsk Sykepleierforbund og Politiets Fellesforbund gikk sammen om å danne UHO. På stiftelseskongressen ble Norsk Fysioterapeutforbund og Norsk Ergoterapeutforbund tatt opp som medlemmer.
Bakgrunnen for å danne en ny hovedorganisasjon var at flere store utdanningsgrupper i offentlig sektor sto uten tilknytning til en hovedorganisasjon. Samtidig var det viktig for forbundene at hovedorganisasjonen skulle være partipolitisk uavhengig.
Det Norske Diakonforbund ble tatt opp som medlem i 2002. I 2003 kom Universitet- og Høyskoleutdannedes Forbund (nå Akademikerforbundet) inn i fellesskapet.
På et ekstraordinært representantskapsmøte i 2005 ble Forskerforbundet og Presteforeningen tilsluttet. I den forbindelse endret organisasjonen navn til Unio.
Representantskapsmøtet i 2006 tok opp Skatterevisorenes Forening som medlem.
Representantskapsmøtet i 2012 tok opp Norsk Radiografforbund og Det norske maskinistforbund som medlemmer.
Representantskapsmøtet i 2016 vedtok å ta opp Bibliotekarforbundet som medlemmer.
Unio har i dag over 380 000 medlemmer.
Unio er latin og betyr ”jeg forener”.